آفریقا می پیوندد مسابقه برای ردیابی COVID-19 با ژنومیک

یکی از جنبه های مهم مدیریت در حال ظهور عفونت است شناسایی زنجیره های انتقال و اختصاص موارد به خوشه از عفونت است. یک مورد در نقطه است و آفریقای جنوبی و رهبر اتحادیه کارگری Zwelinzima Vavi که صرف چند روز در بیمارستان با بیماری کروناویروس. او اظهار داشت که او “تا به حال هیچ ایده که در آن او ممکن است قرارداد این ویروس و دقیق سفر خود سابقه برای سرنخ.

این تجربه است که به سختی غیر معمول خواهد بود و بیشتر از آن برای آفریقای جنوبی با استفاده از حمل و نقل عمومی و زندگی در شلوغ شرایط. به اطمینان حاصل شود که دانشمندان می توانند ردیابی افراد تماس های قوی تر از سیستم های نظارت بیماری مورد نیاز است – آنهایی که در قرعه کشی توالی ژنوم.

دو SARS-CoV-2 ویروس توالی از قاره آفریقا منتشر شد توسط ACEGID در Ede, نیجریه و INRB در کینشاسا جمهوری دموکراتیک کنگو در اوایل ماه مارس. این آزمایشگاه را بازی کرده اند نقش مهمی در تحقیقات و مبارزه با ابولا. با تحقیقات لینک به ما و آنها هر دو نماینده آفریقا داستان های موفقیت و پاسگاه از یک “سلامت و امنیت” رژیم متمرکز در حال ظهور پاتوژنهای “بیش از وجود دارد” (در آفریقا) که ممکن است تهدیدی برای زندگی “اینجا” (در ایالات متحده). بهداشت جهانی مدل امنیتی مبتنی بر این جریان بیماری است. اما COVID-19 وارونه شده است روایت است.

آمریکا و اروپا به جای کشورهای آفریقایی در میان epicentres از این بیماری همه گیر. اگر جهانی بهداشت در ایران مدل مانیتور بیماری مدار در امتداد خطوط از شبکه های بورس, مدل کار کرده است تا حد زیادی به عنوان طراحی شده است. اطلاعات و تکنیک های به اشتراک گذاشته شده به خصوص در بین دانشمندان غربی و مقامات بهداشت و درمان در یک اقدام بی سابقه مد پس از شروع سال 2020 است.

در آفریقای جنوبی, ملی بیوانفورماتیک موسسه (SANBI) به تازگی با همکاری موسسه ملی بیماری مسری (NICD) به تولید اولین SARS-CoV-2 ژنوم ویروسی جمع آوری شده در آفریقای جنوبی. به زودی بعد از این Kwazulu-Natal پژوهش و نوآوری و توالی پلت فرم (TESTTEST) منتشر پنج بیشتر ژنوم.

تنوع دستگیر شده در این ژنوم هنگامی که در مقایسه با ژنوم نمونه در جاهای دیگر فراهم می کند یک اثر انگشت است که ممکن است در ارتباط با یک ویروس خاص – و به این ترتیب یک بیمار خاص خوشه از انتقال.

اولین استفاده از این نوع انگشت, چاپ, بیشتر به طور رسمی شناخته شده به عنوان ژنومی اپیدمیولوژی بود برای ردیابی منبع سياه زخم در سال 2001 anthrax نامه حملات در ایالات متحده است. در آفریقای جنوبی مشابه تکنیک های مورد استفاده برای شناسایی منبع 2017-2018 ليستريوز و مقايسه آنها شیوع.

در سراسر جهان ژنومی نظارت تکنیک های اثبات مفید در ردیابی گسترش COVID-19 و آفریقای جنوبی قرار گرفته است به اتخاذ آنها را در درون خود نظام سلامت پاسخ.

چگونه کار می کند

تمام شش SARS-CoV-2 ژنوم تولید شده در آفریقای جنوبی تا کنون ارائه شده اند به GISAID مخزن داده ها و از آنجا ثبت شده در Nextstrain پلت فرم. Nextstrain با استفاده از هر دو توالی داده و نمونه ابرداده برای تولید یک درخت فیلوژنتیک و نقشه از ویروس’ جهانی گسترش یافته است. شکل 1 نشان می دهد که درخت فیلوژنتیک با آفریقایی به ویژه آفریقای جنوبی توالی برجسته شده است.

شکل 1. Nextstrain

در خواندن درخت فیلوژنتیک به یاد داشته باشید که SARS-CoV-2 ویروس دارای یک کد ژنتیکی حدود 29000 نامه RNA. این RNA ضروری است برای توصیف ویروس’ پروتئین و تکرار میلیون ها بار به عنوان ویروس گسترش می یابد در درون یک فرد و انتقال به یک میزبان جدید. در حالی که SARS-CoV-2 کمک در تکرار آن توسط یک “غلط گیری” exonuclease جهش در تجمع ویروس در نرخ برآورد شده در 0.8×103 در هر نوکلئوتید سایت در هر سال است.

این جهش ها می تواند شامل این حذف و یا بازآرایی از بخش هایی از ژنوم توالی. اما تک نوکلئوتید تغییرات – تغییر برای مثال از یک گوانین (G) به cytosine (C) در حال آموزنده ترین برای زمان فیلوژنتیک تکنیک های.

تکامل ارائه شده توسط Nextstrain تاریخ نژادی جانور یا گیاه است که همه در نظر گرفته شده با توجه به “مرجع” دنباله ای از SARS-CoV-2 به دست آمده از توالی های جمع آوری شده در 26 دسامبر 2019 در ووهان چین. آفریقای جنوبی R03006-2 دنباله ای متفاوت از توالی مرجع در شش موقعیت است که برخی از شباهت به ویروس توالی های جمع آوری شده در اروپا است.

در حالی که این یک نسبتا متوسط سیگنال و نباید بیش از تفسیر آن روشن است از درخت فیلوژنتیک که آفریقای جنوبی ویروس توالی در چهار مکان های مختلف با توجه به توزیع جهانی از ویروس. این نشان می دهد چندین واردات COVID-19 به کشور است.

این وضعیت با R03006-2, KRISP_011 و KRISP_007 است که سخت تر برای تشخیص: آنها بخشی از یک زنجیره انتقال? شکل 2 ارائه یک نگاه نزدیک تر است.

شکل 2: نمای نزدیک از Nextstrain فیلوژنتیک, درخت, شاخه های کوچک ، Nextstrain

این R03006 نمونه های جمع آوری شده در مارس 7 و TESTTEST نمونه سه هفته بعد در تاریخ 1 آوریل. توالی بسیار شبیه هستند و وجود دارد می تواند یک لینک اما تعداد کمی از توالی نمونه (شش از سال 1380 موارد گزارش شده در آفریقای جنوبی با 1 مارس و 8000 توالی از نزدیک به 2 میلیون نفر در سراسر جهان) مانع توانایی ما برای نتیجه گیری. شاید R03006 و TESTTEST نمونه نشان می دهد انتقال از فرد دیگری که ویروس است که در حال حاضر در داده ها.

ژنومی اپیدمیولوژی می تواند کمک در شناخت بیماری, انتقال, اما آن را به اندازه کافی در خود را دارد. برای این کار باید همراه با زمینه داده های اپیدمیولوژیک برای تفسیر صحیح. توالی های بیشتر ما باید با کار بیشتر bioinformaticians می تواند کمک به همکاران خود در درک و انتقال ساختار COVID-19 شیوع بیماری.

چه از دست رفته

بررسی SARS-CoV-2 توالی در قاره آفریقا نشان می دهد یک ضعف است. از اول 87 ویروس ژنوم منتشر 86 آمده از موسسات تحقیقاتی. در حالی که بسیاری از این قوی, لینک, ملی, سلامت, سیستم, آنها نیز منعکس کننده هر دو ضعف دولت های آفریقایی’ سرمایه گذاری در علم و قطع ارتباط بین ژنومی علوم و بهداشت عمومی. سیلوهای نیز وجود دارد بین برنامه ها و اقدامات ملی در حالی که قاره چهره منحصر به فرد بیماری تهدید.

در این زمینه راه اندازی یک پاتوژن ژنتیک هوش موسسه (PGII) توسط Africa CDC در سال 2019 شد prescient.

نظارت بخشی از ‘سخت افزار’ از سلامت سیستم’ آمادگی برای ظهور بیماری های عفونی. آفریقای جنوبی در پاسخ به COVID-19 وضوح راستا با این دیدگاه اما بسیار مهم است که ویروس توالی ژنومی و اپیدمیولوژی بود مستقر در بهداشت عمومی پاسخ برای درک و مقابله با بیماری انتقال در ماه های آینده.

tinyurlis.gdv.gdv.htclck.rushrtco.de